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Le souvenir d'Alésia à Alise-Sainte-Reine ne s'est jamais perdu, contrairement à Bibracte et à Gergovie. Mais, véritable paradoxe, ce site qui a fourni aux archéologues les vestiges les plus significatifs a été l'un des plus contestés. La polémique entre les partisans de la thèse d'Alise en Bourgogne et les partisans d'un autre site dans le Jura dure depuis plus de cent ans et a donné lieu à une importante littérature.

De graves erreurs d'interprétation, sur le plan archéologique d'une part, sur le plan militaire d'autre part, sont à la source de ce malentendu qui perdure encore dans l'esprit du public.

En 1992, Emile Mourey, officier en retraite, publie son premier ouvrage (cf. bibliographie), dans lequel il donne une nouvelle façon d'expliquer la bataille qui s'accorde parfaitement avec le terrain d'Alise-Sainte-Reine. L'année suivante, sont publiés les résultats des fouilles effectuées à Alise par la Römisch-germanische Kommission de Francfort. Aussi incroyable que cela soit, avant les révélations de l'équipe allemande, on situait les lignes de retranchement de César quelque trente mètres trop en avant.

Tout occupée qu'elle est à vouloir faire du Mont Beuvray le phare français de l'archéologie moderne, la Sous-direction de l'archéologie du Ministère de la Culture n'a pas donné à ces découvertes le retentissement qu'elles méritaient pourtant. Les projets de mise en valeur du site d'Alise n'ont pas été suivis d'effet. Les crédits manquent. Les touristes qui se rendent sur place sont déçus. Où sont les obstacles de César? Où sont les guides pour expliquer la bataille? Où sont l'oppidum et le village gaulois? Y a-t-il des maquettes, des diaporamas, des spectacles son et lumière?

Et pourtant, s'il est un site antique chargé d'histoire, c'est bien celui-là.